I. Bayezid’in 1398'de Samsun yöresini almasından sonra Trabzon Komnenos (Kuman) Krallığı Osmanlı Devleti'ne yıllık vergi ödemek zorunda bırakılmıştır. David Komnenos. iktidarı döneminde (1458-1461) vergi ödemeyi durdurarak, önceden ödediklerini de Akkoyunlu Devleti Sultanı Uzun Hasan aracılığıyla geri istemiş, Osmanlılara karşı Avrupa’daki büyük devletlere ittifak önerisinde bulunmuştur. Bunun üzerine Fatih Sultan Mehmet’in öncülüğündeki Osmanlı Kuvvetleri Bölgeyi kuşatarak, 1461 yılında bölgeye kitleler halinde yerleşerek Trabzon'u Vilayet-i Çepni'nin bir parçası yapan Çepnilerin de desteğiyle ele geçirmiş ve Komnenosların (Kumanların) egemenliğine son vermiştir.

Trabzon, Osmanlı Döneminde önce eyalet ve sancak olarak şehzade ve mutasarrıflar tarafından idare edilmiştir. İlk sancak beyi Hızır Bey’dir. 1470 yılında sancak beyliği küçük yaşta Şehzade Abdullah’a verilmiş; Abdullah, annesi Şirin Hatunla birlikte 1479 yılına kadar Trabzon’da yaşamıştır. Yavuz Sultan Selim de şehzadeliği sırasında (1491-1512) Trabzon’da Sancak Beyi olarak bulunmuş, sonradan Kanuni ünvanı alacak olan oğlu Sultan Süleyman burada doğmuştur.

Trabzon 16. yüzyılda, merkezi Batum olan Lazistan Sancağı ile birleştirilerek eyalete dönüştürülmüş ve bu yeni idari birimin merkezi olmuştur.

1859-1864 yılları arasında Kuzey Kafkasya'da süregelen Kafkas-Rus savaşı, Çerkes ve Abaza halkının yenilgisi ile sonuçlanmış ve şehre sayıları 360.binin üzerinde göçmenin yığılmasına yolaçmıştır. Doğal olarak büyük bir afete dönüşen göç, salgın hastalıklar, açlık ve toplum içinde kaynaşmalara yolaçmıştır. Çok kısa bir zaman içinde Trabzon ve Akçakale limanları ve çevresinde ki yerleşim yereleri adeta rezervasyonlara dönüşmüştür. Bu dönem sırasında salgın hastlıklardan korakarak kaçan yerel halk yaylalara geçmiş ve şehirde yeni göçmenlerle, devlet görevlilerinden başka sadece kaçamayacak durumda olanlar kalmıştır.

1867 yılında Trabzon’da büyük bir yangın çıkmış, birçok kamu binası da bu sırada yanmış ve kent daha sonra yeniden düzenlenmiştir. 1868 yılında vilayet olmuş, merkez sancağı dışında Lazistan, Gümüşhane, Canik Sancakları da buraya bağlanmıştır.

Birinci Dünya Savaşı sırasında, Ruslar Trabzon’a saldırır (14 Nisan 1916). Trabzonlulardan oluşan vurucu güçler (Milis), bu saldırı sırasında gerilla savaşı verirler. Bu sıralarda, cepheye gönderilmek üzere Hamidiye Zırhlısının desteğinde Trabzon Limanına gelen cephane Trabzonlu gençlerce büyük bir heyecan içinde boşaltılıp Maçka’ya taşınır.

Çaykara’da Sultan Murat Yaylasında (10 Haziran 1916), Of’ta Baltacı, Arsin’de Yanbolu Derelerinde Ruslara karşı başarılı savaşlar verilmiş, ancak o yıllardaki koşullar altında düşmanın Trabzon’a girmesine engel olunamaz ve Ruslar 14 Nisan 1916 yılında Trabzon’a girer. Rusların Trabzon’da kaldığı bir yıl, on ay, on günlük süre içinde özellikle Rumlar ve Ermeniler, nüfusun çoğunluğunu oluşturan ancak hiçbir silahlı gücü olamayan Müslüman Türk halka büyük işkenceler yaparlar; sayısız insan öldürürler.

1917′de Rusya’da “Bolşevik Devrimi” olur, Çarlık Yönetimi yıkılır. Bunun üzerine Rus ordusunda büyük bir panik başlar. Bu Rusların Trabzon’dan çekilmesine de yol açar. Öte yandan, batıdan doğuya doğru kayan ve Karadağ’da toplanan Türk Çeteleri, Akçaabat’a inerek Yüzbaşı Kahraman Bey’in komutasında üç koldan Trabzon’a doğru yürürler ve 24 Şubat 1918 tarihinde Trabzon’a girer. Bu olayların yaşanmasından sonra Trabzon'da nüfusun az bir kısmını oluşturan Rum ve Ermeniler şehirden çıkarılmıştır.

1461 yılında Trabzon kralı David Komnenos'un Mahmut Paşa'nın yakını olan başmabeycisi Yorgi Amiruki'nin aracılığıyla direnmeden kenti teslim etmesinden sonra II. Mehmet kent yönetimini Gelibolu sancak Beyi Kazım Bey'e bıraktıkmıştır. Sancak merkezi statüsünde olan Trabzon, 1582 yılında III. Murat döneminde Batum sancağı ile birleştirilerek Trabzon Batum eyaletinin merkezi hâline getirilmiştir.[16] Trabzon Osmanlı döneminde de gerek doğu Anadolu ve İran'ın gerek se Baharat yolu'nun Batı'ya açıldığı liman kenti olarak stratejik önemini sürdürmüş dahası İran ve Kafkasya seferlerinde askeri üs noktası olarak kullanılmıştır. Celali ayaklanmaları, Kazancık cemaati gibi soyguncu aşiretler, yolsuzluk yapan sancakbeyleri bölgeyi arpalık olarak kullanan beylerbeyleri (Ahmet Paşa, 1603 gibi), 1624, 1625, 1631 yıllarındaki Kazak yağmaları ve Tuzcuoğulları, Şatıroğlu Ömer ve İbrahim ağa gibi ayanlıktan gelme yerel derebeylerin ayaklanmaları bu dönemin önemli olaylarıdır. 1. Dünya savaşı sırasında 17 gemilik Rus donanması tarafından topa tutulan, 1916-1918 yılları Rus işgaline uğrayan kentin Hıristiyan Rum nüfusu, savaşın bitimiden sonra mübadele ile Yunanistan'a gönderilmiştir. Canlı bir ticaret kenti olan Trabzon'da köklü Rum ve Müslüman aillerden oluşan eşrafı aktif olarak siyasetle uğraşmaktaydı. Barutçuzade Faik Ahmet Bey'in sahibi olduğu İstikbal gazetesi yerel sermaye ve aydınların düşüncelerini kamuoyuna duyurdukları en önemli haber kaynağıydı. Mondros Mütarekesi'nin ardından bölgede bir Pontus Devleti'nin kurulması hatta daha çok destek bulan bir proje olarak yeni kurulacak Ermenistan'a liman kenti olarak verilmesi gündeme geldiğinde Trabzonlular 12 Şubat 1919 tarihinde Trabzon Muhafaza-i Hukuk-ı Milliye Cemiyeti'ni kurarak Osmanlı Devleti'ne bağlılığın korunması için mücadele etmeye karar vermişlerdi. Erzurum Kongresi'ne kalabalık bir heyetle katılan Trabzon heyeti ile kongreyi düzenleyenler arasında başkanlık seçimi ve kongrenin niteliği konusunda bazı pürüzler çıkmıştır. Görüş ayrılıkları derinleşince Heyet-i Temsiliye'nin Trabzonlu üyeleri Sivas Kongresi'ne katılmamışlardı. Saltanat yanlısı Trabzon valisi Galip Bey'in tutuklanması ve Türkiye Komunist Fırkası başkanı Mustafa Suphi ve 18 arkadaşının Trabzonlu kayıkçıların reisi Kahya Yahya tarafından 28-29 Ocak 1921 katli Cumhriyet öncesi dönemin son olaylarındandır.

1831 Osmanlı nüfus sayımına göre Trabzon merkez kazada 6.300, Vakfıkebir 19.512 , Polathane’de 8.432, Yümerek’de (Yomra) 6.775, Tonya’da 1.910, Sürmene’de 12.985, Of’ta 18.940 erkek yaşamakta olup, buna Trabzon sancağındaki 11.473 reaya eklenince toplam 86.327 erkek yaşamaktaydı.[17] 1903 Trabzon Vilayet Salnamesi’ne göre Trabzon vilayetinde 972.981’i İslam, 185.784’ü Rum Ortodoks, 50.233’ü Ermeni Gregoryen, 1.506’sı Katolik, 1.140’ı Protestan olmak üzere 1.211.644 kişinin yaşadığı görülmektedir.[18]
Türkiye Cumhuriyeti

Osmanlı İmparatorluğu'nun yıkılmasından sonra Mustafa Kemal Atatürk ve arkadaşları yeni Türk devleti olan Türkiye Cumhuriyeti'ni kurmuşlar ve Trabzon'da yeni ülkenin yeni idari yapısında "altmış bir (61)" nolu il olarak yerini almıştır.
İlin Cumhuriyet dönemindeki sınırları kültürel ve tarihsel bir düşünceyle değil tamamen idari yapı ve merkezlere uzaklıklar baz alınarak çizilmiştir.
Türkiye Cumhuriyeti'nin 81 ilinden biri olan Trabzon, Doğu Karadeniz bölgesinde yer almakta ve 4.685 km²'lik yüzölçümüyle ülke topraklarının %0,6'sını oluşturmaktadır.
Cumhuriyetin ilanından sonra Trabzon'da çeşitli fabrikalar kurulmuştur.
Atatürk, Cumhuriyet döneminde Trabzon’a üç kez gelir; 1924, 1930 ve 1937 yıllarında, ilk geldikleri 15 Eylül 1924 günü, Trabzonlularca “Atatürk Günü” olarak kabul edilir ve bu kendisine bir telle bildirilir.

Kent, 1923 yılında yeni kurulan Türkiye Cumhuriyeti Devletinin 61. il merkezi olarak yerini almış, 1926 yılında ilk Halk Kütüphanesi ve Ziraat Bankası, 1929'da Visera Hidroelektirik santrali, 1938'de Trabzon içme suyu tesisleri, 1942'de Trabzon Lisesi, 1947'de Trabzon Numune Hastanesi, 1949'da Göğüs Hastalıkları Hastanesi, 1954'de Trabzon limanı, 1957'de Trabzon havaalanı, 1958'de SSK Hastanesi, 1964'de Ayasofya müzesi, 1967'de çimento fabrikası açılmş, 1976 yılında Trabzonspor futbol takımı Türkiye 1. Ligi şampiyonluğunu kazanarak bu ünvanı İstanbul'dan Anadolu'ya taşımayı başaran ilk futbol takımı olmuştur.

1949 yılında 5442 sayılı İl İdaresi Kanunu uygulamasıyla Anadolu'da bulunan 78 bin civarında ki yerleşim adından 28 bin kadarının adı Türkçe olmadığı gerekçesiyle değiştirilmiş olup büyük bölümü Romeika olan Trabzon köy adları da değiştirilerek yerlerine Türkçe isimler konulmuştur.

2012 yılında çıkarılan 6360 sayılı kanun ile Trabzon'da sınırları il mülki sınırları olan büyükşehir belediyesi kuruldu ve 2014 Türkiye yerel seçimlerinin ardından büyükşehir belediyesi çalışmalarına başladı.[19]