Gruplarda her takım birbiriyle iç ve dış saha olmak üzere iki kez karşılaşacak. Grup lideri ve ikincisi, UEFA Şampiyonlar Ligi'nden gelecek 8 grup üçüncüsüyle birlikte son 32 takım arasına kalacak. Gruplarda maçlar 15 Eylül, 29 Eylül, 20 Ekim, 3 Kasım, 24 Kasım ve 8 Aralık'ta oynanacak.
UEFA Avrupa Ligi'nde bu sezon final İsveç'in Solna kentindeki Friends Arena'da 24 Mayıs 2017'de oynanacak. Kazanan takım UEFA Şampiyonlar Ligi'ne doğrudan katılma hakkı kazanacak.
A Grubu
Manchester United
FENERBAHÇE
Feyenoord
Zorya Luhansk
B Grubu
Olympiakos
APOEL
Young Boys
C Grubu
Anderlecht
Standard Liege
Mainz
Qabala
D Grubu
Zenit
AZ Alkmaar
Maccabi Tel Aviv
E Grubu
Viktoria Plzen
Roma
Austria Wien
Astra Girgiu
F Grubu
Altetic Bilbao
Gent
Rapid Wien
G Grubu
Ajax
Standard Liege
Celta Vigo
Panathinaikos
H Grubu
Shakhtar Donetsk
Braga
Gent
KONYASPOR
I Grubu
Schalke 04
Apoel
Krasnodar
J Grubu
Fiorentina
PAOK
Slovan Liberec
K Grubu
Inter Milan
Sparta Prag
Southampton
L Grubu
Villarreal
Steaua Bükreş
Zürih
OSMANLISPOR