Ergenekon davasını yürüten İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, kamuoyunda '3. Yargı Paketi' olarak bilinen 6352 sayılı kanun kapsamında yapılan tahliye taleplerini değerlendirdi. Mahkeme Başkanı Hüsnü Çalmuk, tutukluluk hallerine karar verilen sanıklar için okunacak gerekçelerden birbirinin aynı olanların, kararın toplam 58 sayfa olması nedeniyle okunmayacağını söyledi. Çalmuk, ortam gerekçelerin ilk sanık için okunacağını, diğer sanıklar için de aynı gerekçelerin geçerli olduğunu belirterek bir de her sanık için ayrı ayrı uygulanan gerekçelerin ise tek tek okunacağını açıkladı.
Tutuklu sanıklardan Oktay Yıldırım ile başlayan tutukluluk hallerinin devamına ilişkin değerlendirme, her sanık için ayrı ayrı okundu. Buna göre CHP milletvekilleri Mustafa Balbay ve Mehmet Haberal, Hurşit Tolon ve Veli Küçük'ün de aralarında bulunduğu 43 sanık için tek tek okundu. Bu sanıkların, suç işlediklerine ilişkin kuvvetli suç şüphesinin bulunduğu, bu nedenle daha hafif olan adli kontrol uygulamasının uygulanmasına gerek olmadığı belirtilerek sanıkların tutukluluk hallerinin devamına karar verildi.
Tutuklu sanıklardan CHP milletvekili Mehmet Haberal, tutukluluğunun devamına karar verilmesinin ardından fenalaştı. Haberal'a ilk müdahaleyi tutuklu sanıklardan Fatih Hilmioğlu yaptı. Hilmioğlu Haberal'ın tansiyonunu ve nabzını kontrol ederken yine tutuklu sanıklardan Mustafa Balbay ve Hayrettin Ertekin'in de aralarında bulunduğu bazı sanıklar, yardımcı olmak için orada hazır bekledi. Daha sonra da duruşma salonu önünde bekleyen 112 sağlık ekibi duruşma salonuna alınarak Haberal'a müdahale etti.
Sanıklardan 42'nci sırada Tuncay Özkan'ın tutukluluk halinin devamına karar verildiği açıklandıktan sonra Özkan bu karara "Bunlar doğru gerekçe değil, bana suçumu söyleyin, yaptığınız yasaya aykırıdır" demesi üzerine salondaki jandarma tarafından salondan çıkartıldı. Tutuklu sanık Mehmet Demirtaş'da tepki göstererek "Mağrur olmayın Allah var." diye bağırdı. Demirtaş'da sinirli hareketleri nedeniyle duruşma salonundan çıkartıldı.
Tutuklu sanıklardan 43'üncü sıradaki Durmuş Ali Özoğlu ile ilgili karar okunurken CHP milletvekili gazeteci tutuklu sanık Mustafa Balbay'da seyircilerin bulunduğu bölüme doğru koşarak, "Buradan hasret ve hüzünle ayrılmayın. Burada yargılama yok, yargılama işkencesi var. Biz hukuk ve adaleti size emanet ediyoruz. Herkesten rica ediyorum son 10 duruşmanın zabıtlarına bakılsın. Her şeyimizi alabilirler hatta özgürlüğümü bile ama moral gücümüzü asla alamazlar. Ayrıca son çıkan yasa ile birlikte kimler serbest kaldı, kimler içerde...katiller serbest kaldı, bizler içerdeyiz bunu da unutmayın. Dışarı çıkarken taşkınlık yapmayın sakın malzeme vermeyin." ifadesini kullandı.
Tutuklu sanık Doğu Perinçek'de karara tepki göstererek, "Burası mahkeme değil" ifadesini kullandı. Tutuklu sanık Erkan Önsel ise seyircilere seslenerek, "Bu karar göstermiştir ki bizim özgürlüğümüz Türkiye'nin özgürlüğüdür." dedi. Önsel de bağırarak duruma tepki gösterdiği için jandarma kuvvetlerince mahkeme salonundan çıkarıldı.
Salonda yaşanan gerginlik nedeniyle Mahkeme Başkanı Hüsnü Çalmuk duruşmaya kısa bir ara verdi.
Ara verilmesinin ardından Mustafa Balbay'ı dışarı çıkartmak isteyen jandarma görevlileri ile Balbay arasında zaman zaman tartışmalar yaşandı. Diğer sanıklarda bu tartışmaya müdahil olunca duruşmayı izlemeye gelen seyirciler alkışlarla protesto ettiler. İzleyiciler, "Dokunma, milletin vekiline dokunamazsın." diyerek jandarma görevlilerine bağırdılar. Balbay'ın milletvekili olması da görevlilerin müdahale etmesine engel oldu. Yine de etrafını çeviren görevliler Balbay'ı ikna etmeye çalışırken Balbay'da koltuktan koltuğa zıplayarak izleyicilerle konuşmaya ve mesajlar vermeye devam etti. Mahkemenin kararına tepki gösteren bazı tutuklu sanıklar Gençlik Marşını okudu.
CHP milletvekilleri, bazı avukatlar ve izleyiciler de duruşma salonu binası dışına çıkarak kararı protesto etti. Topluca okunan Gençlik marşının ardından CHP milletvekili Birgül Ayman Güler, karara karşı protestolarını içeren basın açıklaması yaptı.
Aranın ardından salona gelen heyet, avukat ve basın mensuplarının haricindeki kişilerin salona sokulmamasını istedi. Salona girmek isteyen Mahmut Tanal'ında aralarında bulunduğu CHP milletvekili heyeti duruşma kapısından bağırmaya başladılar. Vekiller kendilerini sakin olmaya devam eden jandarma görevlilerine hakaret etti. Bağırmaların devam etmesi üzerine mahkeme başkanı Çalmuk, duruşma disiplinini bozanları dışarı çıkarmaya yetkili olduğunu ifade etti. Jandarma görevlilerine kimseyi içeri almaması yönünde talimat veren Çalmuk, görevini yerine getirmeyen personel hakkında işlem yapacağını belirtti. Ancak bu ikaz da CHP’li vekilleri durdurmaya yetmedi. Mahmut Tanal mahkeme heyetine yönelik hakaretlerine devam etti. CHP’li vekillerin içerisinden biri Çalmuk’a “Sen üstün müsün? Tarihe geçiyorsun. Lan AKP Milletvekillerinden biri gelse içeri almayacak mısın” dedi. Bu arada CHPli vekillerin salona girmesi engellemek için ek jandarma kuvveti geldi.
Diğer yandan yaklaşık 1,5 saat süren karar okunması işlemi sonrasında mahkeme heyeti tutuklu sanıklar Muzaffer Şenocak, Bora Ballı ve Hayrettin Ertekin'in tahliyesine karar verdi. Aralarında eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ'un da bulunduğu 65 sanığın tutukluluk hallerinin ise devamına hükmetti. Duruşma, 30 Temmuz 2012 tarihine ertelendi.