Fatih Sultan Mehmet’in 1461 yılında Trabzon’u fethinin ardından camiye dönüştürülen Ayasofya Camii, 1958-1962 yılları arasında Vakıflar Genel Müdürlüğü ve Edinburg Üniversitesinin işbirliği ile restore çalışmalarının ardından 1964 yılından sonra müze olarak hizmet vermeye başladı. Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından Ayasofya’nın müze olarak değil de cami olarak hizmet vermesi için açılan dava 2012 yılında sonuçlanarak, freskleri asma tavan ve perdelerle kapatılan Ayasofya 28 Haziran 2013 tarihinde uzun yıllardan sonra ilk kez namazın kılınmasıyla ibadete açıldı. 5 Temmuz 2013 tarihinde ilk cuma namazının kılınmasıyla resmen ibadete açılan Ayasofya’nın fresklerinin perdeyle kapatılması sırasında zarar verildiğini öne süren Türk Mühendis ve Mimar Odaları Birliği (TMMOB), 2013 yılında Trabzon İdare Mahkemesine başvurdu. Ayasofya Müzesi’nin camiye çevrilmesi ve ibadete açılmasına ilişkin işlemin iptalini isteyen TMMOB’nin bu kararı reddedildi. Bu sürecin ardından Trabzon’da gelen Vakıflar Genel Müdürü Adnan Ertem, Ayasofya Camii’nde namaz kılarak incelemelerde bulunmuştu. 2013 yılında müzeden camiye dönüştürülerek ibadete açılan Ayasofya Camisi'nin tekrar müzeye dönüştürülmesinin mümkün olmadığını belirten Ertem, "Burası fethin sonrasında camiye dönüştürülmüş ve vakfiyesi cami olan bir yerdir. Buranın müze olmasına yönelik taleplere asla ve asla saygı duymuyorum" ifadelerini kullanmıştı. 

56 yıl sonra restorasyon ihalesine çıkılıyor 
56 yıldır restorasyon yapılmadan ayakta duran Ayasofya Camii uzun yılların ardından restore edilecek. Temmuz ayının sonunda restorasyon için ihaleye çıkacak olan Vakıflar Genel Müdürlüğü, freskler için uygun bir çözüm üretti. Hat levhaları ve tablolar koyarak freskleri kapatmayı düşünen Vakıflar Genel Müdürlüğü en az müdahale mantığıyla restorasyon projesini tamamlayacak. Ayasofya Camii'nin yapı sağlığının sürekli olarak izlenmesi adına esere yerleştirilecek ivmeölçerler yardımıyla gerçek zamanlı titreşim kayıtlarının alınması ve oluşacak değişikliklerin izlenerek hasarların büyümeden önlemlerinin alınması hedefleniyor. Planlanan bu sistem, bölgedeki tarihi eserlerdeki ilk uygulamaları olma özelliğini taşıyacak. Restorasyon sürecinde yapının kısmen de olsa ziyarete açık tutulmasının amaçlandığı belirtildi. 

Kral I. Manuel tarafından yaptırıldı 
Yapı, Trabzon İmparatorluğu'nu kuran Komnenos ailesinden Kral I. Manuel tarafından 1250-1260 yılları arasında yaptırıldı. Bir manastır kilisesi olan ve 'Kutsal Bilgelik' anlamına gelen Ayasofya, Fatih Sultan Mehmet Han'ın 1461 yılında Trabzon'u fethinden sonraki yıllarda bir minber ve müezzin mahfili eklenerek camiye dönüştürüldü. I. Dünya Savaşı sırasında Trabzon'u işgal eden Rus ordusu tarafından depo ve askeri hastane olarak kullanılan yapı, savaş sonrasından 1959 yılına dek cami olarak kullanıldı. 
1959-1964 yılları arasında Vakıflar Genel Müdürlüğü ve Edinburgh Üniversitesinin ortak çalışmalarıyla restore edilen tarihi yapının freskleri ortaya çıkartıldı. 1964 yılında müze haline getirilen Ayasofya, 3 Haziran 2013 tarihinde Kültür Bakanlığı tarafından Vakıflar Genel Müdürlüğüne teslim edildi. Ardından mahkeme kararları ve vakıf kaydı dolayısıyla Ayasofya, 28 Haziran 2013 Cuma günü 49 yıl sonra yeniden müslümanların ibadetine açıldı.