AK Parti Genel Başkanı ve Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın avukatı Hüseyin Aydın'ın şikayeti doğrultusunda başlatılan soruşturmanın ardından Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı Pekşen hakkında fezleke hazırladı. Pekşen'in 9 Ocak 2018 tarihinde katıldığı bir televizyonda yaptığı konuşmada Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'a hakaret ettiği bildirildi.
Fezleke, Anayasa'nın 83. Maddesine istinaeden Pekşen'in milletvekilliği dokunulmazlığının kaldırılması talebiyle TBMM'ye sunulmak üzere Adalet Bakanlığı'na gönderildi. Dilekçede 9 Şubat'ta Türkiye Nereye isimli programda, Pekşen ile ilgili "Şüphelinin, açıklamalarında geçen hususlar tamamen gerçek dışı olup hayal mahsulüdür. Bu tarz akıl ve mantık dışı iddialarla gündeme gelmek, şüphelinin siyasi alışkanlığı haline gelmiştir ancak konumu ne olursa olsun hiç kimsenin iftira atma ve hakarette bulunma özgürlüğü bulunmamaktadır. Başkalarının onur, şeref ve saygınlığı, ifade özgürlüğünün sınırlarından biri olup, bu sınıra tecavüz edenlerin eylemlerinden sorumlu tutulması hukuk devleti olmanın bir gereğidir." ifadelerine yer verildi.
