Kürtaj, eşcinsel evlilik ve ötanaziye karşı olan Papa Francis'in adı, Arjantin'de 1970'li yıllardaki cunta döneminde yaşanan bazı suçlara da karıştı. Bu suçlardan en ciddisi, iki Cizvit rahibin kaçırılıp işkence görmesiydi.

Bergoglio'yu savunanlar ise 76 yaşındaki din adamının cunta rejimiyle iyi ilişkilere sahip olduğu yönündeki iddiaları reddediyor. Nitekim iddia sahipleri de hiçbir zaman Bergoglio hakkındaki suçlamalarla ilgili kanıt sunamadı.

Bergoglio, 2001 yılında Arjantin'deki bir bakımevinde kalan 12 AIDS hastasının ayaklarını yıkayıp öpmesiyle hatırlanıyor.