61SAAT SPOR SERVİSİ-Trabzonspor’a, 2012 yılında Gençlerbirliği’nden transfer olduğunda geleceğin Selçuk İnan’ı olarak lanse edilen Soner Aydoğdu aradan geçen 2 sezonda resmen hayal kırıklığı yaşattı. Yaşadığı sakatlıklar nedeniyle zaman zaman kadroya giremeyen ancak kadroda bulunduğu sırada bordo-mavililerde istenileni bir türlü veremeyen Soner Aydoğdu, İshak Doğan karşılığında Karabükspor'a Aykut Akgün ile beraber verilen oyuncular arasında yer aldı.
Soner’i 2012 yılında Gençlerbirliği’nden transfer ederken 2 milyon 250 bin Euro bonservis bedeli ödeyen Trabzonspor, oyuncuya da yaklaşık 1 milyon Euro senelik ücret veriyordu.