Ergenekon davasının 5 Ağustos 2013 günü açıklanan kararında hakkında yakalama kararı çıkarılan Yurt Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Merdan Yanardağ'ın Bodrum Yalıkavak'ta kiraladığı bir evde tatil yaptığı yolunda ihbar alan polis harekete geçti. Eve yapılan baskında gözaltına alınan Yanardağ, Bodrum Emniyet Müdürlüğü'ne getirildi. Yanardağ, sabah saatlerinde Bodrum Devlet Hastanesi'ne götürülerek sağlık kontrolünden geçirildi. Hastanede işlemleri tamamlanan Yanardağ, adliyeye sevk edilerek savcı karşısına çıkarıldı. Bodrum Adliyesi’nde yaklaşık 8 saat süren sorgusunun ardından İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından verilen 10 yıl 6 ay hapis cezası istemi ile tutuklanan Yanardağ, Muğla Cezaevi’ne gönderildi. Yanardağ, adliye çıkışında bekleyen basın mensuplarına, “Kararı hukuken, ahlaken ve vicdanen doğru bulmuyorum. AK Parti hükümetinin adaleti bu toplumu ve basını sindirmeye yönelik. Bu kakarı kınıyorum ve protesto ediyorum” dedi.Yanardağ’ın Avukatı Muğla Baro Başkanı Mustafa İlker Gürkan ise, yakalama kararının yüze okunması ve bunun üzerine tutuklama kararının verildiğini ifade ederek, “İstanbul’dan gelen talimatı Bodrum Mahkemesi icra etti ve tutuklama kararı verildi. Kendisi savcılığın takdirine göre cezanın üst sınırı yüksek olduğu için Muğla Cezaevi’ne nakledilecek. Adalet Bakanlığı ile yapılacak yazışmalar gereği daha sonra İstanbul’a nakledilecek. Ayrıca bir kitap yazma hazırlığı vardı ve onu tamamlamak için dışarıda araştırma yapmak istiyordu. Onun için Bodrum’da kaldığını ifade etti. Kitabını tamamladıktan sonra ise teslim olacağını belirtmişti. Zaten kendisini gördünüz, kaçak göçek bir durumu da yoktu” diye konuştu.Ümraniye'de 12 Haziran 2007 tarihinde bir gecekonduda 27 adet el bombasının bulunmasıyla başlayan Ergenekon davası, 5 Ağustos 2013 tarihindeki 321. duruşmayla sona ermişti. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nce Silivri Cezaevi'ndeki mahkeme salonunda yapılan duruşmada mahkeme heyeti, aralarında Merdan Yanardağ'ın da bulunduğu hapis cezası alan 13 sanık hakkında yakalama kararı çıkartmıştı.