Trabzonspor’daki başarılı 5 sezonluk kariyeriyle taraftarların gönlünde yer edinen Joao Pereira, 2021 yılında bordo-mavili takımdan ayrılarak eski kulübü Sporting Lizbon’a geri dönmüş ve burada futbolu bırakma kararı almıştı. Aktif futbol hayatını noktaladıktan sonra teknik direktörlüğe adım atan Pereira, ilk antrenörlük görevini 2021 yılında Sporting Lizbon U23 takımının başında almıştı.
Buradaki başarılı performansı sonrası 2024 yılında, Sporting Lizbon’un en iyi dönemlerinden birinde, teknik direktör Ruben Amorim’in Manchester United’a gitmesinin ardından A Takım’ın başına getirildi. Ancak Pereira, yaklaşık 3 aylık bu süreçte beklentileri karşılayamayınca görevden alındı ve Sporting B Takımı'nın başına geçti. Sezonu burada tamamlayan Joao Pereira, 22 Mart tarihinde Süper Lig ekibi Alanyaspor ile anlaşarak takımın başına geçti.
Alanyaspor, Pazar günü saat 16.00’da deplasmanda Trabzonspor ile karşılaşacak. Böylece Joao Pereira, 4 yıl aradan sonra Trabzonspor’un sahasına yeniden çıkmış olacak.